占领大理后，杜文秀没有像其他反清领袖那样急于称帝，而是先整顿秩序、安抚百姓。他下令释放监狱里的无辜百姓，废除清朝的苛捐杂税，还开仓放粮，救济因战乱流离失所的百姓。大理百姓见杜文秀的队伍这么好，都高兴地说：“杜将军真是我们的救星啊！”

公元1856年十月，在大理百姓和各路反清势力的拥戴下，杜文秀在大理正式建立政权，国号“平南”，自称“总统兵马大元帅”。他还仿照清朝的官制，设置了文武官员，建立了一套完整的行政体系。值得一提的是，他的官员队伍里，既有回族人，也有汉族人、彝族人和白族人，真正做到了“民族团结”。《滇西变乱小史》里记载：“文秀在大理，设官分职，汉回彝白各民族皆有任职，政令清明，百姓安居乐业。”

杜文秀知道，光靠打仗不行，得让老百姓过上好日子，才能长久地守住大理。他在大理推行了一系列改革措施，把大理治理成了清末西南地区难得的“乐土”。

首先是农业。云南多山地，耕地少，杜文秀就下令组织百姓开垦荒地，还派人修建水利工程，灌溉农田。他还推广新的农作物品种，比如玉米、土豆，这些作物耐旱、产量高，很适合云南的气候。很快，大理一带的粮食产量就提高了，老百姓再也不用饿肚子了。

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其次是商业。大理地处云南西部，是连接中国内地和东南亚的重要商道。杜文秀就下令整顿商道，打击土匪强盗，还降低商业税，鼓励商人来大理做生意。一时间，大理的集市变得非常热闹，不仅有中国内地的丝绸、茶叶，还有东南亚的香料、珠宝，商人络绎不绝，大理成了西南地区的商业重镇。

再次是教育。杜文秀特别重视教育，他下令在大理城里建立学校，不仅招收回族子弟，也招收汉族、彝族、白族子弟，学费全免。他还请了很多有学问的人来当老师，教学生们读儒家经典、学算术。当时有人劝他：“我们是反清的，教儒家经典不合适吧？”杜文秀却笑着说：“儒家讲‘仁政’‘爱民’，这跟我们的理念是一样的，为什么不能教？”

在杜文秀的治理下，大理一带呈现出一派欣欣向荣的景象。据《大理县志》记载，当时的大理“商旅云集，农田丰收，学校林立，百姓安居乐业”，很多外地百姓都纷纷搬到大理来居住。而与此同时，清朝统治下的其他地区，要么战乱不断，要么灾荒频发，百姓苦不堪言。两相对比，杜文秀的“平南国”成了很多人向往的“世外桃源”。

杜文秀不仅把大理治理得很好，还不断扩大自己的势力范围。到公元1860年，他的势力已经扩展到了云南的大部分地区，兵力达到了十几万人，成了清末西南地区最强大的反清势力。清朝政府多次派大军镇压，都被杜文秀的队伍打败。咸丰皇帝在朝堂上发脾气说：“杜文秀这贼，在云南闹了这么多年，你们谁能把他给朕灭了？”（《清文宗实录》）

就在杜文秀的反清事业蒸蒸日上的时候，危机也悄悄来临。首先是内部矛盾。随着势力越来越大，队伍里的一些将领开始骄傲自满，有的甚至不听指挥，还偷偷抢老百姓的东西。杜文秀虽然多次下令整顿，但效果并不理想。更严重的是，一些回族将领因为民族偏见，开始排挤汉族、彝族将领，这让原本团结的队伍出现了裂痕。

其次是外部压力。清朝政府见靠自己的兵力打不过杜文秀，就开始收买杜文秀队伍里的叛徒。公元1867年，杜文秀的部将马如龙被清军收买，背叛了杜文秀，率领自己的队伍投降了清军。马如龙是杜文秀手下的得力大将，他的背叛不仅让杜文秀损失了大量兵力，还泄露了很多军事机密，给杜文秀的反清事业带来了沉重打击。